A propos de l’intérêt de la détermination exacte du sous-type viral des souches de VHC de génotype 1 (session orale 9)

Interview du Dr Stéphane Chevaliez
(Créteil, France)

Dr Chevaliez, pensez-vous que la détermination du sous-type des souches de VHC de génotype 1 présente un intérêt ?
Ces dernières années, la recherche académique et les laboratoires pharmaceutiques ont mis l’accent sur la mise au point de nouvelles molécules capables d’inhiber sélectivement une ou plusieurs fonctions essentielles à la multiplication du VHC. Ceci est particulièrement important dans un contexte où seulement 50% des patients, tous génotypes confondus, peuvent être guéris par le traitement standard actuel. En 2009, deux cibles thérapeutiques sont privilégiées, les inhibiteurs de protéases, capables d’empêcher la maturation de la polyprotéine du VHC, et les inhibiteurs de la réplication virale.
Néanmoins, ces nouvelles molécules en développement dans le traitement de l’hépatite chronique C ont des activités antivirales différentes sur les différents sous-types du VHC de génotype 1. De plus, les profils de résistance à certaines de ces molécules varient en fonction du sous-type viral. La détermination du sous-type des souches de VHC de génotype 1 est donc essentielle dans le contexte du développement de nouvelles molécules anti-VHC, pour la stratification des essais et pour l’interprétation des résultats.

Quelles sont, à l’heure actuelle, les techniques moléculaires de génotypage permettant la détermination du sous-type du VHC de génotype 1 ?
La méthode de référence pour la détermination du génotype et du sous-type est l’analyse phylogénique d’une portion de la région codant la protéine NS5B (ARN polymérase ARN-dépendante) après amplification génique par polymerase chain reaction (PCR).
Les méthodes commerciales les plus couramment utilisées dans les laboratoires de virologie sont fondées sur l’analyse de la séquence d’une portion du génome viral ou l’hybridation inverse des produits d’amplification (technique INNO-LiPA). La plupart des méthodes utilisées en pratique clinique ciblent une région très conservée du génome viral, la région 5’ non-codante. Malheureusement, dans environ 20% des cas, cette région ne permet pas de différencier les souches de VHC de sous-type 1a et 1b. C’est la raison pour laquelle les méthodes ciblant exclusivement cette région doivent être proscrites pour la détermination du sous-type des souches de VHC de génotype 1. Des trousses de génotypage qui ciblent, outre la région 5’NC, une autre région du génome viral, sont aujourd’hui disponibles. La deuxième génération du test INNO-LiPA (INNO-LiPA V.2, Innogenetics) cible à la fois la région 5’ non-codante et la région codant la protéine de capside. La technique semi-automatisée de PCR en temps réel développée par Abbott cible la région 5’ non-codante et la région NS5B.

Selon vous, quelle trousse commerciale recommanderiez-vous pour la détermination exacte du sous-type des souches de VHC de génotype 1 ?
En pratique clinique et dans les essais thérapeutiques évaluant l’efficacité antivirale des nouvelles drogues anti-VHC, la seule analyse de la région 5’NC doit être proscrite. La méthode fondée sur la PCR en temps réel devrait, à mon avis, faire l’objet d’améliorations techniques. La seconde génération du test INNO-LiPA identifie correctement le sous-type du VHC de génotype 1 dans plus de 96% des cas. C’est aujourd’hui la meilleure méthode. Elle peut être utilisée pour la stratification dans les essais cliniques.