Les co-infections fongiques sont une complication bien connue des infections virales respiratoires, associées à une morbimortalité augmentée, mais elles peuvent être traitées efficacement si le diagnostic est précoce. Plusieurs études portant sur de faibles effectifs ont rapporté des cas d’aspergillose invasive (AI) chez des patients Covid-19 avec une insuffisance respiratoire sévère, mais les données sont encore incomplètes. L’objectif de cette étude était de déterminer l’incidence, les facteurs de risque et l’impact des infections fongiques invasives (IFI) chez les patients infectés par le Covid-19 avec une détresse respiratoire sévère. Il s’agit d’une étude de cohorte prospective britannique, multicentrique, ayant évalué une stratégie de dépistage optimisée des IFI chez les patients Covid-19 hospitalisés en unités de soins intensifs (USI). Cette stratégie optimisée est détaillée dans la figure ci-dessous. 

Au total, 257 patients ont été admis à l’hôpital pour une infection à SARS-CoV-2, 135 patients adultes (âge médian 57 ans) ont été dépistés pour une suspicion d’IFI. Des hémocultures et un test BDG ont été réalisés chez 123 patients, 60 ont bénéficié d’une aspiration bronchique et l’ensemble de ces tests ont été réalisés chez 48 patients. Les résultats montrent que l’incidence des IFI est de 26,7 % (14,1 % d’aspergilloses, 12,6 % de candidoses). Le taux global de mortalité est de 38 % : 53 % en cas d’IFI et 31 % dans les autres cas (p = 0,0387). Il a été réduit en cas d’administration d’antifongiques : 38,5 versus 90,0 % chez les patients n’ayant pas reçu de traitement adapté (p = 0,008). Parmi les facteurs de risque d’aspergillose, on retient l’administration de corticoïdes systémiques à dose élevée (13/15 patients, OR = 7,9 ; IC₉₅ : 1,6-39,3 ; p = 0,007) et les antécédents d’insuffisance respiratoire chronique (7/16 patients, OR = 3,15 ; IC₉₅ : 1,06-9,34 ; p = 0,05).

En conclusion, les IFI sont une complication grave des formes sévères d’infection à SARS-CoV-2, associées à une morbimortalité augmentée. L’administration précoce d’antifongiques, basée sur une stratégie adaptée de tests mycologiques, est associée à un bénéfice en termes de survie. L’incidence élevée associée à une morbimortalité importante pourrait faire discuter une prophylaxie antifongique chez les patients les plus à risque.