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Une proportion significative de patients atteints de PR récente ne répond pas à une première ligne de methotrexate (MTX) sans qu’il n’existe de biomarqueur fiable pour prédire la réponse au MTX. Le microbiote, par son rôle de métabolisation du méthotrexate per os pourrait prédire la réponse au MTX oral.

Dans cette étude monocentrique, 26 patients atteints de PR récente ont eu un prélèvement de selles avant de débuter du methotrexate. Les selles ont été analysées par séquençage de l’ARN 16S (pour étudier la composition du microbiote) et par technique de RNA-sequencing (pour étudier la fonctionnalité du microbiote). 

Les patients répondeurs au MTX avaient une moindre diversité du microbiote par rapport aux non-répondeurs (p < 0,05). Sur le plan fonctionnel, le microbiote des non-répondeurs était enrichis en transcrits d’enzymes métabolisant le MTX (polyglutamate synthetase, adénine déaminase, etc.). Pour étayer leur hypothèse sur l’influence du microbiote sur le métabolisme du MTX, les auteurs ont incubé in vitro des selles de patients atteints de PR avec du MTX. Avec les prélèvements des non-répondeurs, les concentrations de MTX mesurées après 48 h d’incubation étaient significativement plus basses que pour les répondeurs. Enfin, les auteurs ont construit un modèle prédictif de réponse au MTX prenant en compte l’expression de 9 transcrits présents dans les selles des PR. En appliquant ce modèle à une cohorte de réplication (n = 10 PR), la probabilité de réponse prédite corrélait significativement au delta DAS28 (r = 0,79 ; p = 0,0088).

Le microbiote des PR pourrait prédire les chances de réponse au MTX oral via son potentiel rôle de métabolisation et d’absorption du MTX. Cet algorithme prédictif pourrait ouvrir la voie à des thérapies personnalisées dans la PR naïve de traitement.