La méthylation de l’ADN, cette modification épigénétique stable qui influence l’expression des gènes, est connue pour avoir de profondes implications dans le développement du cancer, et son analyse prend aujourd’hui une importance croissante dans la prise en charge de certaines localisations tumorales. Les nombreuses publications sur le sujet et les sollicitations des biologistes et pathologistes à considérer ce nouveau niveau d’analyse de la tumeur nous ont conduits à lui consacrer un dossier de .
En effet, des profils de méthylation de l’ADN ou méthylomes aberrants sont mis en évidence dans les cellules cancéreuses, combinant hypométhylation globale du génome et hyperméthylation de régions spécifiques, notamment les îlots CpG dans les régions promotrices, modifiant l’expression de gènes suppresseurs de tumeurs ou d’oncogènes critiques. Cette altération du méthylome est un événement très précoce dans la carcinogenèse et peut donc constituer un marqueur spécifique de la cellule d’origine et devenir un marqueur diagnostique très pertinent. C’est un aspect qui est ici illustré dans le cadre des tumeurs cérébrales. Aujourd’hui, l’analyse du méthylome de ces tumeurs complexes s’impose comme une aide précieuse, confirmant un diagnostic posé sur la morphologie ou permettant d’étiqueter des tumeurs jusqu’alors inclassées, mais également d’obtenir des éléments pronostiques. C’est également une marque biologique trouvant toute sa place dans l’analyse de l’ADN circulant d’origine tumorale en permettant un gain de spécificité et de sensibilité précieux, crucial pour le dépistage et le suivi de la maladie.
Par ailleurs, l’analyse de la déficience de la recombinaison homologue (HRD), marqueur théranostique des cancers de l’ovaire, repose actuellement sur l’analyse mutationnelle des gènes de la recombinaison homologue (RH) et/ou sur la mise en évidence d’une cicatrice génomique de déficit de la RH. Dans ce contexte, la méthylation des promoteurs de certains gènes de la RH apporte une information supplémentaire pour identifier les tumeurs HRD et donc éligibles à un blocage de voies alternes de réparation comme les inhibiteurs de PARP.
Enfin, ce numéro serait incomplet sans un article reprenant les techniques actuelles de l’analyse de la méthylation, sur des sites spécifiques ou en profil global (méthylome). Il apparaît clairement que l’analyse de la méthylation de l’ADN est encore en plein développement et que des questions aussi basiques que “Quels îlots CpG sont pertinents à analyser ?” ou “Comment standardiser l’analyse du méthylome ?” se posent encore. Les technologies sont toujours mouvantes et doivent relever le défi d’analyses fiables sur matériel congelé, tout comme sur ADN dégradé, extrait de tissu fixé.
Vous l’aurez compris, la méthylation de l’ADN est un sujet désormais brûlant qui a besoin de la communauté biologique et pathologique de génomique tumorale pour gagner en fiabilité et robustesse et s’imposer comme un outil complémentaire d’analyse tumorale dans la prise en charge de routine. Nous espérons que les différents articles préparés par les experts du domaine sauront assouvir ou susciter votre intérêt pour la thématique.
Ce n’est qu’un début, la méthylation ne s’arrêtant pas à l’ADN... mais ça, c’est un autre sujet !
Nous vous souhaitons une excellente lecture.