Actualités sur les variants du SARS-CoV-2
- Les mutations adaptatives du SARS-CoV-2 concernent principalement la protéine Spike, plus particulièrement les domaines de liaison au récepteur et la région N-terminale. Plusieurs de ces mutations ont été sélectionnées dans des lignages viraux indépendants ayant émergé dans des régions différentes du globe. Ce phénomène est appelé convergence évolutive.
- Le variant delta est aujourd'hui dominant dans le monde. En France, ce variant représente plus de 99 % des variants circulants en octobre 2021. Certains sous-lignages, tels que AY.4.2, ainsi que d'autres variants, tels que les variants 21H (variant mu) ou 20D (C.1.2), font l'objet d'une surveillance particulière.
- La circulation en continu du SARS-CoV-2 dans le monde, en particulier dans les pays où la vaccination n'est pas suffisamment étendue, fera inévitablement le lit de l'émergence de sous-lignages du variant delta et/ou de nouveaux variants.
Liens d'interêts
S. Fourati, P.E. Saint-Antonin, C. Rodriguez, J.M. Pawlotsky déclarent ne pas avoir de liens d’intérêts en relation avec cet article.
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Figure 1. Représentation schématique de l’attachement du SARS-CoV-2 au récepteur ACE2 cellulaire via le RBD de la protéine Spike (d’après S.K. Saxena et al. [1]).
Figure 2. Principaux domaines de la protéine Spike. Le domaine S1 porte le domaine N-terminal et le domaine de liaison au récepteur. Le domaine S2 porte le site de clivage de la furine, étape qui précède la fusion de l’enveloppe virale et des membranes cellulaires lors de l’entrée du virus dans la cellule cible. En rouge, les principales positions qui sont impliquées dans l’adaptation virale (d’après T.P. Peacock et al. [2]).
Figure 3. Convergence évolutive : exemple de variants porteurs de substitutions et/ou de délétions majeures dans Spike, sélectionnées de façon indépendante.
Figure 4. Représentation schématique des substitutions AA et délétions (Δ) présentes dans les principaux variants préoccupants. Les positions en acides aminés sur la protéine Spike sont numérotées de 1 à 1273 (sur le prototype “variant d’origine”). NTD : N terminal Domain ; RBD : receptor-binding domain.
