Editorial

Le point de vue du bactériologiste

Mis en ligne le 31/12/2021

Auteurs : Dr Olivier Barraud

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Contrairement à la virologie qui très tôt a fait appel aux techniques de biologie moléculaire, la bactériologie est pendant longtemps restée cantonnée à la culture dite conventionnelle réalisée à l'aide de milieux de culture et de boîtes de Petri. Depuis plus d'une dizaine d'années, des PCR en temps réel ont vu le jour et ont permis d'identifier, directement à partir de prélèvements biologiques, des bactéries d'intérêt médical majeur, qui étaient le plus souvent fragiles ou difficilement cultivables (Mycobacterium tuberculosis, Bordetella pertussis, Chlamydia trachomatis ou encore Neisseria gonorrhoeae).

Cette première évolution, somme toute assez majeure, n'était rien en comparaison des nouveaux outils de diagnostic rapides et innovants qui passent, pour la plupart d'entre eux, d'une approche dite ciblée, limitée à 1 ou 2 agents pathogènes recherchés, à une approche dite syndromique qui permet l'identification simultanée de plusieurs agents pathogènes via des PCR multiplex. La métagénomique clinique, qui est une approche sans a priori, basée sur le séquençage complet des acides nucléiques issus d'un échantillon biologique, est un autre outil innovant qui reste peu accessible aujourd'hui, mais qui préfigure (peut-être) tout ou partie ce que sera la microbiologie de demain.

Présents dans l'arsenal diagnostique de la plupart des CHU et CHG, mais aussi de certains laboratoires d'analyses et de biologie médicale privés, les nouveaux outils de diagnostic rapides que sont les tests syndromiques s'inscrivent désormais dans le panorama de la bactériologie médicale moderne. Ces outils révolutionnaires sur le plan technique, qui nécessitent un volume d'échantillon réduit et une compétence technique minime, sont-ils pour autant à considérer comme la panacée, telle une sorte de “magic bullet” que n'importe quel clinicien pourrait prescrire les yeux fermés, sans même avoir effectué une démarche diagnostique ni évoqué une étiologie ? Assurément pas. Comme toute analyse biologique, ces tests ont des limites (des pathogènes non ciblés, une faible sensibilité parfois, etc.), ils ont aussi un coût non négligeable et doivent donc être utilisés à bon escient, dans le cadre de la juste prescription, et à la suite d'une discussion clinicobiologique qu'ils ont l'avantage de renforcer. La plus-value du bactériologiste se situe probablement ici, plutôt que dans une course effrénée à la volumétrie et à la rapidité d'un rendu de résultats obtenu en l'absence de contexte clinique. Même si ces tests sont séduisants, ils manquent encore pour beaucoup de recul, et les études d'impact clinique font pour l'instant défaut, car la plupart des études se sont limitées, à ce jour, à comparer leurs performances avec la méthode dite de référence qu'est la culture conventionnelle. La vigilance doit surtout être de mise lorsque ces tests sont utilisés à partir de prélèvements non stériles (prélèvements respiratoires et digestifs notamment), au risque de générer une surdocumentation microbiologique liée à une simple colonisation, avec des conséquences en termes de surprescription des antibiotiques, et donc un effet délétère, opposé à celui défendu par les politiques de santé qui prônent le bon usage des antibiotiques et la mise en place de programmes d'antibiotic stewardship.

Enfin, ces tests amènent les laboratoires à s'interroger, à la fois quant au choix des technologies et des plateformes à acquérir tellement elles sont nombreuses, et quant à leur intégration dans le flux des analyses à visée microbiologique. Remplaceront-ils ou supplanteront-ils un jour la culture pasteurienne ? Probablement pas, mais il est à peu près certain que les milieux de culture et les boîtes de Petri ont du souci à se faire et qu'ils devraient voir leur nombre se réduire dans les années à venir…

Bonne lecture !


Liens d'interêts

O. Barraud déclare avoir des liens d’intérêts avec bioMérieux.

auteur
Dr Olivier BARRAUD
Dr Olivier BARRAUD

Pharmacien
Biologie médicale
CHU de Limoges, Limoges
France
Contributions et liens d'intérêts

centre(s) d’intérêt
Infectiologie